микросборка

Совместное применение графа де Брёйна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома

 В работе предлагается метод сборки контигов геномных последовательностей из парных чтений. Особенностью этого метода является разбиение процесса сборки контигов на три этапа: сборка квазиконтигов из чтений, сборка контигов из квазиконтигов и микросборка. На первом из этапов используется граф де Брёйна, на втором — граф перекрытий. Описываются результаты экспериментального исследования разработанного метода на чтениях геномов бактерии E. Coli (размергенома — 4.5 миллиона нуклеотидов) и рыбы Maylandia zebra (размер генома — миллиард нуклеотидов).