В работе приводится сравнительный анализ производительности протокола аутентификации Шнорра и протокола аутентификации на основе задачи о нахождении гамильтонова цикла в графе. Показано, что с применением технологии CUDA производительность протоколов на графах не уступает производительности протокола Шнорра. Важность такого исследования заключается в том, что протоколы на графах (протокол аутентификации на основе доказательства изоморфизма графов, протокол аутентификации на основе задачи о нахождении гамильтонова цикла в графе и т.д.) обладают свойством нулевого разглашения знания.